Церковь создавала культ "священной власти" , неповиновение которой объявлялось тяжким грехом. Еретические идеи встречали ожесточённый отпор со стороны католической церкви. Церковные соборы предавали анафеме ересиархов и  их последователей. Для подавления массовых еретических движений церковь организовывала крестовые походы. В конце 12 века появилась инквизиция для суда и расправы над еретиками . Система судебного расследования с применением изощрённых пыток, запутанных софистических ухищрений и запугиваний , с помощью которых у жертв вырывали признания вины. Обычно осуждённых еретиков сжигали на кострах.   Шестая Заповедь гласит "Не убивай", инквизиторы напрямую нарушали эту заповедь, потому как Христос завещал возлюбить ближнего как самого себя, и проповедовать людям любовь к ближнему , но не силой меча и огня.  
Инквизицией широко применялись шпионаж и доносы, поощряемые передачей доносчиками части имущества осуждённых. Под надзор инквизиции попадали учёные, заподозренные в свободомыслии и несогласии с установленными католической церковью канонами. Это нарушает ещё одну заповедь, "Не лжесвидетельствуй". 
Деятельность инквизиции представляла одну из самых мрачных страниц средневековья.