После смерти Ивана Грозного в 1584 году на престол взошел его второй сын Федор Иванович (1584-1598), малоспособный к управлению государством. В ходе борьбы за влияние на царя выдвигается на первый план царский шурин Борис Федорович Годунов, который становится фактически соправителем при Федоре Ивановиче.После смерти бездетного царя, последнего из года Рюриковичей, в 1598 году был избран Земским собором сам Борис Годунов (1598-1605). Впервые на трон вступил не природный, а избранный царь. При Фёдоре Ивановиче и Борисе Годунове в Москве в 1589 году было учреждено Патриаршество (русская православная церковь окончательно становится самостоятельной). При Годунове наметилось сближение с западом. В развитии крепостного законодательства в 1592 году были составлены писцовые книги, по которым возникла возможность установить принадлежность крестьянина к феодалу и организовать розыск беглых. Окончательно отменен Юрьев день и окончательно установлены Заповедные лета. В 1597 году введен пятилетний срок сыска беглых крестьян (Урочные лета), в 1607 году учреждён 15-летний срок сыска беглых крестьян.