Одной из черт внутренней политики Бориса Годунова было восстановление  порядка в Русском государстве после разрушительного периода опричнины. Именно во время его влияния на царя Федора появляется указ об  "урочных летах", установивших пятилетний сыск для беглых крестьян. Такая политика была направлена на поддержание отношений с боярской верхушкой, которая была в то время разобщена. Искал Годунов поддержку и у церкви. В 1589 году вводится патриаршество, церковь становится независимой. Первым патриархом становится Иов, ставленник Бориса Годунова. Также Годунов хотел расширить связи России с Европой, провести реформу образования и основать университеты. Для такой цели многие молодые дворяне были направлены на обучение в Европу. В общем, Борис Годунов хотел провести реформы, направленные на модернизацию страны. Однако это ему не удалось в связи начавшейся Смутой.