Уже в ходе первого этапа Ливонской войны царь неоднократно упрекал своих воевод в недостаточно решительных действиях. Он обнаружил, что «бояре не признают его авторитет в военных вопросах» [3].

В 1564 году царю изменяет один из воевод, командовавший русскими войсками в Ливонии князь Курбский, который выдаёт агентов царя в Ливонии и участвует в наступательных действиях поляков и литовцев, в том числе в польско-литовском походе на Великие Луки.

Измена Курбского укрепляет Ивана Васильевича в мысли, что против него, русского самодержца, существует страшный боярский заговор, бояре не только желают прекращения войны, но и замышляют убить его и посадить на трон послушного им князя Владимира Андреевича Старицкого, двоюродного брата Ивана Грозного. И что митрополит и Боярская Дума заступаются за опальных и препятствуют ему, русскому самодержцу, карать изменников, поэтому требуются совершенно чрезвычайные меры.

На сколько я знаю, причиной послужила Ливонская война.