Тутмос III был сыном фараона Тутмоса II (правил в 1494—1490 до н. э.), женатого на своей сводной сестре Хатшепсут, и наложницы (или второстепенной жены) низкого происхождения Исиды. Таким образом, Тутмос III был пасынком и племянником царицы Хатшепсут (тронное имя Мааткара), единолично правившей в 1490/1489—1468 до н. э. Хатшепсут была четвёртой (и единственной оставшейся в живых) дочерью фараона Тутмоса I и царицы Яхмос, что делало её прямой наследницей престола по традиции XVIII династии.