Причины - основная - ослабление центральной союзной власти, остальные - приведены ниже.
1. Украина с момента вынужденного вхождения в состав Российской империи мечтала о возрождении полной "самостийности" как самостоятельного государства. 
2. Республиканские партийные руководители в Средней Азии и на Кавказе всегда выбирались из среды кланов, которые руководили территориями и  в Российской империи. Выходцы из более низших кланов могли быть министрами, но не выше. В этих республиках была высокая степень коррупции и нелегального бизнеса, контролируемого республиканскими структурами. Центральная власть попыталась провести показательный процесс против коррупционеров ("хлопковое дело" в Средней Азии), но решимости довести его до конца не проявило. Руководителям этих республик нужна была самостоятельность и независимость от центра - России.
3. Прибалтийские республики считали вхождение в СССР принудительным и желали полной самостоятельности и независимости от центра - России.
4. Как только центральная власть показала свою слабость в ходе проведения "Горбачевской перестройки", то в республиках Ср. Азии, Кавказа, Прибалтики, начался процесс неподчинения руководству СССР. На момент официального распада СССР республики фактически вышли из подчинения центральной власти. Армения и Азербайджан воевали друг с другом, в Среднеазиатских республиках прошли националистические погромы за выдворение из республик лиц других национальностей, в том числе русских.