Деятельность правительства Годунова была нацелена на всестороннее укрепление государства. Благодаря его стараниям в 1588 был избран первый русский патриарх, которым стал митрополит Иов. Во внутренней политике Годунов руководствовался здравым смыслом и расчетом, стремился преодолеть хозяйственную разруху. Кризис 1570-х — начала 1580-х заставил правительство пойти на установление крепостной зависимости. В 1580-1590 была проведена валовая перепись, в 1584 отменены церковные тарханы, в 1592-1593 был установлен «Юрьев день» . В 1597 был издан указ об «урочных летах» , согласно которому крестьяне, бежавшие от господ «до нынешнего.. . году за пять лет» подлежали сыску, суду и возвращению «назад, где хто жил» . На бежавших шесть лет назад и ранее указ не распространялся, их прежним владельцам не возвращали. В целях поддержания хозяйств мелких и средних помещиков была «обелена» их запашка. Уложение 1597 отрегулировало положение холопов, прежде всего кабальных.
В городах проводилось «посадское строение» , которое удовлетворило некоторые интересы горожан. Были ликвидированы «белые слободы» , население которых не платило налогов. Теперь же все, кто занимался торговлей и промыслами, должны были войти в состав посадских общин и участвовать в платеже повинностей в казну — «тянуть тягло» . Таким образом, возросла численность тяглых людей. Рост поступлений в казну позволил развернуть активное строительство городов, крепостных сооружений; с размахом осуществлялось церковное строительство. Годунов действенно поощрял колонизацию Сибири и южных районов страны.