Открытое военное противостояние началось с чешского восстания против правящего Австрийского дома. Королевство Чехия занимало не последнее место в Священной Римской империи, дворяне Чехии вели активный образ жизни, вращаясь в просвещенных европейских кругах, особенно дружескими были их связи с Германией. Эрцгерцог Фердинанд Штирийский, провозглашенный императором Матвеем наследником, отменил права чешских протестантов, закрепленные в «Грамоте величества». 23 мая 1618 г. произошла «Пражская дефенестрация» во время которой из окон ратуши были выкинуты имперские наместники, «чудесным образом» спасшиеся приземлившись на навозную кучу, она явилась официальным началом Тридцатилетней войны. 30 директоров, избранные чешским сеймом в правительство Чехии и Моравии, смогли укрепить армию и выгнать иезуитов. Граф Йиндржих Матиаш Турн смог нанести имперским войскам несколько поражений, и привел армию под стены Вены. Несмотря на то, что силы повстанцев вели успешные боевые действия на разных направлениях, из-за разногласий, царивших среди чешских командиров, упущенного времени, а также необыкновенно кипучей деятельности, внешне добродушного Фердинанда, чехи стали сдавать свои позиции. Альбрехт Валленштейн привел армию наемников из Германии, Италии и Нидерландов. Имперский фельдмаршал Бюкуа разбил чехов в битве при Саблате. Дипломатия Фердинанда также приносила успехи. Бавария и Саксония выступили на стороне империи, Испания, Тоскана и Генуя прислали армии на помощь императору. 8 ноября 1620 г. католические войска в ожесточенном сражении под Белой горой нанесли сокрушительное поражение чешско-моравским повстанцам. Наемники Валленштейна, польские казаки Лисовского и венгерские гайдуки, призванные бороться с «лисовчиками», наводили ужас на чехов и полностью лишили их воли к сопротивлению. Наступила «эпоха тьмы», Чехия стала заурядной провинцией Австрии.