Во-первых, мать Иоанна и по совместительству его регент - Елена Глинская, которая довольно грозно расправилась с врагами своего сына. А во-вторых, после ее смерти, малолетний Иоанн наблюдал борьбу за власть между знатными боярами, например Шуйскими и Глинскими. Естественно это все сказалось на характере будущего царя, которого не зря назовут Грозным.

Т.к ИГ рано лишился отца и матери он был предоставлен сам себе,  у него не было хорошего наставника, все кто находились во круг него были подвержены властволюбием. Бояре которые должны были заботиться о нем и его братьях они содержали их в нищите, а по мимо этого они позволяли себе оскорблять память его умерших родителей. Поэтому он чувствовал себя беспомощным, униженным и   одиноким.