Срок сыска беглых крестьян стал бессрочным, проявлялся чрезмерный феодальный гнет. Ещё одной причиной было усиление централизованной власти, введение соборного уложения 1649 г. Вполне возможно, что непосредственной причиной войны стало общее ослабление экономики страны в результате затяжной войны с Речью Посполитою и Османской Империей за Украину. Увеличивается государственный налог. Начинается эпидемия моровой язвы и массовый голод.

В своей книге по истории России Ключников пишет о том, что донским казакам полагался от государства "минимальный голутвенный" объем вина, равный 12 литрам на казака в год. Но если обратиться к тому времени, то можно увидеть, что Россия лишь недавно отошла от войн с Турцией, в результате чего стали возникать перебои с поставками этого минимального голутвенного объёма. Также немаловажную роль сыграл следующий факт: с Дона сбегало много крепостных крестьян в другие части Руси. Причём государство смотрело на это сквозь пальцы, что не могло не тревожить казачье сословие.