Не над религиозными меньшинствами, а конкретно над иудеями. 

Сначала евреи помогли маврам захватить Испанию, потом они притесняли местное христианское население, потом при королеве Изабелле случилась реконкиста и христиане опять отбили Испанию. 

Иудеев из Испании выгнали. 
Евреи начали массово креститься (для вида) 
И тогда еврей по национальности, но христианин по вероисповеданию Торквемада учинил расследование (инквизиция) для того чтобы узнать кто из крещенных евреев на самом деле крестился, а кто претворяется.