Правительство оказывало покровительство церковноприходским школам, стремясь с их помощью воспитать учащихся в духе религиозности и политической благонадежности. Гимназия, основная форма средней школы, в 60-е годы считалась бессословным общеобразовательным учебным заведением. В это время возникли разные типы гимназий — реальные и классические. Однако самого начала они не были полностью уравнены в правах, а после 1866 г. классическая гимназия стала практически основной формой среднего образования; реальная же гимназия была преобразована в шестислассное училище без права для ее выпускников поступления в университет. В пореформенную эпоху были открыты новые университеты в Одессе, Томске. В университетах, получивших автономию, открылись новые кафедры, оживилась научная работа, повысился образовательный уровень выпускников