Сделайте замену переменных с условиями.
Program asd;
USES crt;
Const n=4;
Var A:array[1..n,1..n] of integer;
i,j,s:integer;
BEGIN
Сlrscr;
Randomize;
for i:=1 to n do
 begin
 for j:=1 to n do 
begin 
A[i,j]:=ABS(Random(2)-1);
 Write(A[i,j]:4);
end;
Writeln;
end;
Writeln; 
for i:=1 to n do
 begin 
for j:=1 to n do 
begin   If A[i,j]=0 then A[i,j]:=1   
else   
A[i,j]:=0; 
 Write(A[i,j]:4);
  end; 
Writeln;
  end;
END.