1. Большинство программ установленных на ПК используют так называемые общие библиотеки, в момент удаления по не осмотрительности и не знаю пользователь может удалить по запросу эти библиотеки, которые в своё очередь нужны для работоспособности других программ (ПО). И в крайних случаях возможно само ПО может удалять их.

Данный пример касается системы Windows
2. Последствий много: Начиная от засорения реестра Windows, разных пересекающихся зависимостей и т.п. Так же как из выше сказанного перезапись и удаления общих библиотек, как разной версии так и отсутствие после удаления. В итоге через некоторое время система усыпаясь в ошибках соответствий начинает много "думать" и возможно выдавать ошибки и что ещё хуже уходить в "краш" (синий экран смерти)