Вода в Байкале относится к слабоминерализованным мягким водам гидрокарбонатного класса, группы кальция первого типа (по классификации О. А. Алекина) . В среднем на долю гидрокарбонатов кальция и магния приходится 84%, хлоридов и сульфатов – 7%, щелочных металлов - 9% эквивалента ионов. Вода озера принадлежит к гидрокарбонатно-кальциево-сульфатной (НСО3- --Са2+ --SO4 2+) гидрохимической фации, хотя вода большинства притоков (170 из 250 обследованных) относится к гидрофации гидрокарбонатно-кальциево-кремниевой (HCO3- --Са2+ --SiО2). Изменение фации притоков в озере свидетельствует о специфике процессов формирования байкальских вод. Поступающие в озеро воды претерпевают при метаморфизации глубокие изменения в своем химическом составе, приводя к изменению гидрохимической фации. Одним из процессов, ведущих к этому, является процесс биогенного извлечения кремния диатомовыми водорослями. Средний химический состав вод в разных частях Байкальской котловины различается незначительно. Больше изменений на тех участках, которые примыкают к крупным притокам, а так же на тех, где интенсивно развиваются водоросли. В этих районах может значительно изменяться количество растворенного кремния, вплоть до полной его утилизации, а также солей фосфора (фосфатов) и азота (нитратов) .