Площадь озера Зайсан – 1810 км². В 60 км к востоку проходит китайская граница. Также на восточном берегу впадает в озеро река Черный Иртыш. Длина озера составляет 105 км, а ширина около 22-48 км, наибольшая глубина – 15 м. Высота озера относительно уровня моря – 420 м.

Дно в основном покрыто илом, но встречаются песчаные и каменистые участки, преимущественно с мелкой галькой. Берега Зайсана низинные и в основном покрыты камышовыми зарослями. Однако в тех местах, где в озеро вдаются возвышенные мысы, берег преимущественно чист.

Островов в озере практ