Балтийское море расположено в пределах Восточно-европейской платформы и характеризуется небольшими глубинами. Это море по геологическому возрасту очень молодо. Оно образовалось в конце четвертичного периода и представляет как бы совокупность отдельных бассейнов: центральной части, Ботнический, Финский и Рижский залив, а также зоны датских проливов.

Морское побережье — шхерного типа. Преобладают аккумулятивные берега. Южный берег Финского залива обрывистый, составленный палеозойскими известняками.

Балтийское море образовалось во время таяния ледника Валдайского оледенения. Около 10 тыс. лет назад на его месте было ледниковое озеро. Позже (9,5 тыс. лет назад) благодаря потеплению во впадину проникли морские воды. Образовалось новое море, которое геологи назвали Иолдиевым. Потом поднялась земная кора Скандинавии — море опять замкнулось и опреснилось. Его назвали Анциловым. После него, приблизительно 7 тыс. лет назад, образовалось Литориновое море, а уже за ним – современное  Балтийское море.

Сильные западные ветры способствуют повышению уровня вод (приливные явления) в губе Невы Финского залива. Для предотвращения разрушительного  действия воды здесь построена защитная плотина.

Температура воздуха по сезонам заметно отличается на севере и на юге моря. В январе на севере Ботнического залива средняя температура — 8 °С, в июне 15 °С. Осадков здесь около 500 мм. На юге в эти месяцы средние температуры соответственно 1 °С и 17,5 °С, а осадков до 1000 мм. По причине прохождения большого  количества циклонов зимой погода достаточно переменчива, но, в общем, теплая. Вода летом в море холодная, температура колеблется от 11, 13 °С в Ботническом заливе до 18 °С в Рижском. Ежегодно Ботнический, Финский и Рижский заливы замерзают в среднем на три месяца, а все море покрывается льдом очень редко — лишь девять раз за 400 с лишним лет.

Балтийское море — одно из наиболее опресненных на Земле. Это связано с большим стоком речных вод. Максимальная его соленость 17-18%, минимальная 2-3% .

Жизнь в море развивалась в зависимости от геологических условий. В нем проживают и реликты, и пришельцы из далеких морей, и пресноводные виды. Из 70 видов рыб промышленное значение имеют салака, треска, палтус и др. В Ботническом заливе есть лежбища тюленей.