Зональность водных масс в океане осложнена влиянием суши и морских течений. Это проявляется прежде всего в распределении температур поверхностных вод. Во многих районах океана изотермы у берегов резко отклоняются от широтного направления. 

Северная половина океана теплее южной, разница в температурах доходит до 6°С. Средняя температура поверхностных вод (16,5°С) несколько ниже, чем в Тихом океане. Охлаждающее влияние оказывают воды и льды Арктики и Антарктики. Соленость поверхностных вод в Атлантическом океане высокая. Одна из причин повышенной солености состоит в том, что значительная часть испаряющейся с акватории влаги не возвращается снова в океан, а переносится на соседние материки (из-за относительной узости океана) . 

В Атлантический океан и его моря впадает немало больших рек: Амазонка, Конго, Миссисипи, Нил, Дунай, Ла-Плата и др. Они выносят в океан огромные массы пресных вод, взвешенного материала и загрязняющих веществ. В опресненных заливах и морях субполярных и умеренных широт зимой у западных берегов океана образуется лед. Многочисленные айсберги и плавучий морской лед мешают судоходству в северной части Атлантического океана.