Васюганское болото образовалось около 10 тыс. лет назад и изначально занимало площадь около 45 тыс. км2. Первичные изолированные болотные массивы, возникавшие в течение всего голоцена в котловинах и плоских депрессиях рельефа, по мере накопления торфа и роста их линейных размеров постепенно (2–1,5 тыс. лет назад) слились в единую обширную и сложную болотную систему. Процесс заболачивания продолжается и в настоящее время: в среднем ежегодно здесь заболачивается 18 км2.