Фауна заповедника изучена пока недостаточно. Отмечено 16 видов млекопитающих, около 50 видов гнездящихся птиц и более 20 видов рыб. В целом для животного населения характерна бедность видового состава при относительной многочисленности некоторых специализированных форм. Наиболее бедны животными водораздельные сухие участки тундр. На склонах и около водоемов животное население богаче. Один из специфических биотопов заповедника, вокруг которого концентрируется жизнь, — это крутые яры по берегам рек. Преимущественно здесь гнездятся сапсан, зимняк, белая сова, под защитой которых (препятствуют появлению у гнезд песцов и поморников) устраивают гнезда краснозобая казарка и гусь-гуменник