Водный режим Миссисипи, как и любой реки, – это изменение во времени уровня и объема воды.В верхнем течении водный режим Миссисипи зависит от количества талых снеговых и дождевых вод, с продвижением на юг возрастает роль дождевого питания. В верховьях Миссисипи протекает через многочисленные болота и озера, образуя пороги и перекаты. Здесь река широкая, но несудоходна, вода ее прозрачная. Разливается Миссисипи в теплое время года, а зимой покрывается льдом.
После впадения Миссури в Миссисипи наблюдается величественное зрелище. Два мощных потока, шириной до километра каждый, текут в одном русле, не смешиваясь, на протяжении 150–180 км. Сравнительно чистая вода Миссисипи течет вдоль левого берега. Постепенно сливаясь с мутными водами Миссури, она окрашивается в желтоватый цвет. «Толстая грязнуля» – так часто называют Миссури. Размывая рыхлые породы, река несет огромное количество песка, глины, ила, а во время наводнения – даже деревья. Все это попадает в Миссисипи, превращая ее воды в мутную вязкую жидкость. Не случайно местные жители говорят: «Воду Миссисипи пить нельзя, потому что она слишком густая, но и пахать ее невозможно – ведь она слишком жидкая». К сожалению, такому названию способствует и человек, значительно загрязнивший реку.