Течёт по смешанным, а в верховьях хвойным, заболоченным лесам. В нижнем течении непроходимые болота. Бассейн реки заселён марийцами и русскими. Многие деревни заброшены. В пределах Кировской области расположены посёлки городского типа Кикнур и Санчурск (основал князь Болтуш). На территории Марийской республики крупных поселений в бассейне Большой Кокшаги нет, здесь расположен заповедник Большая Кокшага. Река впадает в Куйбышевское водохранилище напротив города Новочебоксарск в нескольких километрах выше устья Малой Кокша́ги.