Крім характерних для прокаріот і еукаріот особливостей, клітини рослин, тварин, грибів володіють ще цілим рядом особливостей. Так, клітини рослин містять специфічні органели- хлоропласти, які обумовлюють їх здатність до фотосинтезу, тоді як у решти організмів ці органели не зустрічаються. 
Рослинні клітини, як правило, містять великі вакуолі, які наповнені клітинним соком. У клітинах тварин і грибів вони також знаходяться, але мають зовсім інше походження і виконують інші функції. Основною запасною речовиною, що зустрічаються у вигляді твердих включень, у рослин є крохмаль, у тварин і грибів- глікоген. У тварин клітинна стінка відсутня, їх плазматична мембрана покрита лише тонким глікокаліксом. До складу клітинної стінки у рослин входить целюлоза, до грибів- хітин.