Паруса в принципе всегда белые. И алый цвет, выбранный автором - как символ сказки, чуда, символ любви. Волшебной и фееричной, если хотите. Поскольку сама история больше похожа на сказку, то и символ её, проходящий через всю канву рассказа, должен быть соответствующий.

А может быть все просто, и произведение называется так, потому что Ассоль верила, что ее корабль будет именно с алыми парусами.