В 1694 году беглые крестьяне и участники Соловецкого восстания основали Выгорецкий монастырь — «Выгорецкую обитель». Монастырь был расположен на реке Верхний Выг, но отдельные его скиты располагались и на берегах Выгозера. С начала 1800-х годов — Выгозерская волость Повенецкого уезда Олонецкой губернии. В начале XX века в Выгозерскую волость входили три крестьянских общества — Масельгское, Выгозерское и Койкиницкое. С. Н. Соколов, исследовавший по поручению Общества любителей естествознания, антропологии и этнографии в 1904 году Повенецкий уезд, так описал Сегежу: «Эта деревня, если её можно так назвать… состоит из одного дома, обитателем которого является корел под именем Иуды, с семейством. Благодаря выгодному расположению его дома на большой сплавной реке и благодаря обилию окружающей местности зверями, птицами и рыбой, а также заливными лугами, его семейство всегда обеспечено всем необходимым и не терпит большой нужды. Единственное неудобство этого селения — это почти полное отсутствие к нему дорог».