В полном объеме руководствоваться необходимостью сохранения видового генофонда региона.
Как правило вносить в список только обособленные виды.
Вносить только виды, нуждающиеся в охране как на всей территории области, так и на территории отдельных муниципальных округов.
Обратить особое внимание на уязвимые узкоэндемичные и реликтовые виды, а также виды, граница ареала которых проходит по территории Ярославской области или недалеко от нее.
Включать виды, которые пока не стали редкими, но могут стать такими, так как их численность снижается при интенсивном воздействии деятельности человека на их места обитания.
Не вносить акклиматизированные виды животных, а также заносные и одичавшие виды растений.