Иван Шишкин родился 13 января 1832 года в городе Елабуге. Происходил из древнего вятского рода Шишкиных, был сыном купца Ивана Васильевича Шишкина (1792—1872) 1.В 12 лет был определён в ученики 1-ой казанской гимназии, но дойдя в ней до 5-го класса, оставил её и поступил в  (1852—1856). Окончив курс этого заведения,Академии художеств с 1857 года продолжал образование в Императорской а, где числился учеником профессора С.М. Воробьёва. Не довольствуясь занятиями в стенах академии, усердно рисовал и писал этюды с натуры в окрестностях Санкт-Петербурга и на острове Валааме, благодаря чему приобретал всё большее знакомство с её формами и умение точно передавать её карандашом и кистью. Уже в первый год его пребывания в академии были присуждены ему две малые серебряные медали за классный рисунок и за вид в окрестностях Санкт-Петербурга.