Ондатра ведёт полуводный образ жизни, селится по берегам рек, озёр, каналов и особенно охотно — пресноводных болот. Она предпочитает мелководные (1—2 м глубиной), не промерзающие водоёмы с берегами, покрытыми густой травянистой растительностью.

Активны ондатры круглосуточно, но чаще всего после заката и рано утром. Питаются прибрежными и водными растениями — тростником, рогозом, камышом, осокой, хвощами,стрелолистом, рдестами. Весной ондатра кормится молодыми стеблями и листьями, летом и осенью ест прикорневые части и корневища, зимой только корневища. Поедает также сельскохозяйственные культуры. Реже, когда растительной пищи мало, ест моллюсков, лягушек и мальков рыбДля жилья ондатра строит норы и хатки. Нору роет в высоком берегу. Длина ходов нор различна, в крутых берегах — 2—3 м, в пологих — до 10 м. Отверстие норы расположено под водой и снаружи не видно, а гнездовая камера находится выше уровня воды. Случается, что гнездовые камеры расположены в два этажа и соединены ходами — это предусмотрено на случай изменения уровня воды в водоёме. Даже в самые суровые морозы температура в гнездовых камерах ондатр не опускалась ниже 0 °C. На низких заболоченных берегах ондатра сооружает из стеблей водных растений (тростника, осоки, рогоза), скрепленных илом, надводные жилища — хатки высотой до 1—1,5 м. Вход в них тоже располагается под водой. Строит также плавучие и открытые гнёзда — кормовые площадки. Кроме жилых хаток ондатры строят и кладовые, где делают запасы корма на зиму.Ондатры живут семейными группами, обладающими своими кормовыми участками. Паховые (перинеальные) железы самцов выделяют мускусный секрет, которым они метят территорию. К пришельцам нетерпимы, только во время зимовок образуют сборные группы. Весной самки прогоняют своё подросшее потомство с участка; при перенаселении известны случаи каннибализма. Весной и осенью ондатры, не имеющие своих семей и кормовых участков, совершают дальние миграции в поисках свободных водоёмов..