В классической статье «Вопросы жизни» Пирогов рассмотрел фундаментальные проблемы российского воспитания. Он показал нелепость сословного воспитания, разлад между школой и жизнью, выдвинул в качестве главной цели воспитания формирование высоконравственной личности, готовой отрешиться от эгоистических устремлений ради блага общества. Пирогов считал, что для этого необходимо перестроить всю систему образования на основе принципов гуманизма и демократизма. Система образования, обеспечивающая развитие личности, должна строиться на научной основе, от начальной до высшей школы, и обеспечивать преемственность всех систем образования.

Педагогические взгляды: Пирогов считал главной идею общечеловеческого воспитания, воспитание полезного стране гражданина; отмечал необходимость общественной подготовки к жизни высоконравственного человека с широким нравственным кругозором: «Быть человеком — вот к чему должно вести воспитание»; воспитание и обучение должно быть на родном языке. «Презрение к родному языку позорит национальное чувство». Он указывал, что основанием последующего профессионального образования должно быть широкое общее образование; предлагал привлечь к преподаванию в высшей школе крупных учёных, рекомендовал усилить беседы профессоров со студентами; боролся за общее светское образование; призывал уважать личность ребёнка; боролся за автономию высшей школы.

Критика сословного профессионального образования: Пирогов выступал против сословной школы и ранней утилитарно-профессиональной выучки, против ранней преждевременной специализации детей; считал, что она тормозит нравственное воспитание детей, сужает их кругозор; осуждал произвол, казарменный режим в школах, бездумное отношение к детям.

Дидактические идеи: учителя должны отбросить старые догматические способы преподавания и применять новые методы; надо будить мысль учащихся, прививать навыки самостоятельной работы; учитель должен привлечь внимание и интерес учащегося к сообщаемому материалу; перевод из класса в класс должен проводиться по результатам годовой успеваемости; в переводных экзаменах есть элемент случайности и формализма.