1) В настоящее время существует такой способ лечения заболеваний, как генная терапия.Было решено использовать для этого вирусы. Ведь именно они могут проникать в клетку и внедрять в нее чужеродный генетический материал.
2) Так же используют для промышленного получения антибиотиков. В бактерии внедряют гены отвечающие за выработку инсулина 
3) Бактериофаги используют в лабораторной диагностике инфекций при внутривидовой идентификации бактерий