Прежде чем приступить к делению хламидомонада теряет жгутики и перестает двигаться. Содержимое материнской клетки делится пополам, затем еще пополам. Каждая из четырех частей покрывается оболочкой и выбрасывает жгутики. В результате под оболочкой образуется 4 маленькие клетки. Эти клетки называются зооспорами. Основная функция зооспор – размножение и расселение организма. Впоследствии оболочка материнской клетки лопается, и дочерние клетки оказываются на свободе. Зооспоры постепенно растут и превращаются во взрослых хламидомонад.