Двустворчатые играют важную роль в морских и пресноводных биоценозах как естественные очистители воды, являясь биофильтраторами. Они подлежат охране, их специально разводят в контейнерах и запускают в водоемы для очистки. Одна устрица за 1 час отфильтровывает 10 литров воды. Некоторые брюхоногие (малый прудовик) служат промежуточными хозяевами паразитических плоских червей (печеночного сосальщика) . Моллюски входят в различные цепи питания биоценозов. Служат пищей животным: сухопутными моллюсками питаются жабры, кроты; водными - рыбы, морские звезды.