Покровы плоских червей представлены однослойным эпителием. У свободноживущих ресничных червей клетки покровов несут на поверхности реснички, при помощи которых они плавают в воде.
Органы дыхания у них отсутствуют. Свободноживущие виды и эктопаразиты дышат через покровы 
Пищеварительная система свойственная не всем плоским червям. У большой группы ленточных червей- в связи с паразитированием в кишечнике хозяина пищеварительные органы осутствуют и пища всасывается покровами тела. у др. плоских червей пищеварительная система имеется и кишечник обычно разветвлен на две или несколько ветвей, которые заканчиваются слепо.
Органы выделения представлены протонефридиями. У некоторых плоских червей выделительных клеток нет и моча выделяется стенками выделительных канальцев.
Половая система гермафродитная и очень сложна. Обычно в эту систему, помимо семенников и яичников, входят различные придаточные образования, обеспечивающие процесс оплодотворения яйцеклеток сперматозоидами, снабжение яйца необходимыми для развития эмбриона питательными веществами и создание вокруг яйца защитных оболочек.
Кровеносная система, как у всех первичнополостных животных отсутствует.
Нервная система у наиболее примитивных плоских червей имеет диффузный характер, представляя подкожное сплетение, образованное нервными клетками, контактирующими окончаниями своих отростков.