На мышах ставятся биологические опыты, вырабатывают противоядия и вакцины, проверяют лекарства и другие вещества на токсичность и тератогенность. С 1980-х годов началось создание трансгенных мышей с целенаправленно модифицированным геномом[2]. Такие мыши — лишённые какого-либо гена или же несущие дополнительный ген под тем же промотором — позволяют либо лучше понять функцию интересующего нас гена, либо картировать его активность[3][4]. Для научных экспериментов применяют, в основном, «линейных» мышей, то есть мышей, которые размножают только скрещиванием с мышами со схожим геномом.

В 2004 году в Японии был совершен новый прорыв в науке, сравнимый по значению с появлением овечки Долли, — была создана мышь без участия самца[5]. До её рождения специалисты были уверены, что у млекопитающих это невозможно из-за геномного импринтинга. Эта мышь, по имени Кагуя, нормально развивалась, принесла потомство традиционным способом, и прожила на 30 процентов дольше обычных мышей, рожденных с помощью отца.Мыши — природные носители большого числа паразитов и хранители возбудителей многих болезней человека и домашних животных, включая опасные инфекции. Вредят зерновому и лесному хозяйству, повреждают материалы и продукты питания. Наибольший вред приносят мыши из родов Mus (например, домовая мышь (Mus musculus)). Меры борьбы: ликвидация доступа к продуктам, отпугивание (ультразвуковыми излучателями: мыши слышат ультразвук до частот порядка 40 кГц), регуляция численности при помощи ловушек (мышеловок) и ядов.