Тело рептилий разделено на голову, шею и туловище (грудь и брюхо) и хвост. Снаружи оно покрыто роговыми щитками. Роговой покров предохраняет животных от потери влаги и иссушения, защищает от повреждений. У некоторых видов под роговыми чешуями залегают костные бляшки. Кожа рептилий плотно прилегает к телу, желез обычно нет или очень мало (у крокодилов). Для многих представителей, например змей, характерна линька - периодическое сбрасывания рогового покрова.

Рептилии первые наземные существа, у них на коже нет желёз, они растут с помощью линьки, первые, у кого ноздри и рёбра принимают участие в дыхании. Есть не полная перегородка в желудочке. Наружу вместо мочи выводится мочевая кислота