Потому что они бывают разные: полезные и вредные. Полезные нужны и хозяину, например, бактерии в толстой кишке человека могут перерабатывать клетчатку (а человек не может), а мы им за это место жительства и пищу (клетчатку).
А с вредными и так понятно: они вредят хозяину, например, блохи, клещи, паразитические черви.

В дополнение к верхнему ответу: есть у тебя кишечная палочка. Пока у человека все хорошо, вы с ней "дружите". Она создаёт тебе витамины K, B, E. Но вот, у этого человека болезнь, дизентерия. Или спид. Ослабевают барьеры организма, и вот эта палочка, что была другом, попадает не туда, или активно размножается, и уже развивается воспаление, что нужно лечить. Вот это показывает двойственность микроорганизмов наших.