Справедлив для наследования моногенных признаков (т.е. один признак -один ген). Если за один и тот же признак отвечают несколько генов (т.е. при полимерии, классический пример  - цвет кожи), его применять нельзя. 
Если вопрос касается исключительно расположения генов, то закон не проявляется при сцепленном наследовании. Сцепление может нарушиться, если в процессе мейоза происходит кроссинговер. Чем дальше удалены аллельные гены друг от друга в хромосоме, тем выше вероятность кроссинговера.