Самое длинное в Восточной Африке, 673 километра, пресноводное озеро Танганьика считают и самым старым из африканских озёр. По оценкам ученых ему около 12 миллионов лет. Биотоп озера Танганьика возник под влиянием двух тектонических разломов, постепенно заполнившихся водой и образовавших два бессточных озера, которые через тысячелетия соединились, образовав одно площадью 32900 квадратных километра и глубиной 1470 метра. Об озере Танганьика европейцам стало известно в 1858 году от двух англичан Ричарда Бертона и Джона Спика.
В Танганьику впадают реки Рузизи, Малагараси, Каламбо, Ифуме, Луфубу и Лунангва, а вытекает одна Лукуга. Вода озера напоминает разбавленную морскую, очень прозрачная, температура 23-24°, слабощелочная (рН 8,6-9,2). Хорошее перемешивание воды на глубину до 200 метров обеспечивают сильнейшие ветры. В нижних слоях биотопа озера Танганьика жизнь отсутствует. Анаэробные бактерии, обитающие на дне, поглащают азот поэтому концентрация нитритов и нитратов очень мала.
Для озера Танганьика характерны 4 типа биотопов: скалистые рифы, песчаные участки, болотистые участки с растительностью, открытые воды.