Нервная система характеризуется увеличением , по сравнению с земноводными, относительных размеров головного мозга, и прогрессивным развитием полушарий переднего мозга. Так же у них мозжечок больше , чем у земноводных, лучше развита его кора, что обеспечивает координацию сложных движений.

Обычно нервная система состоит из нервов, размещенных в разных частях тела, а также из различных отделов мозга. Все эти структуры тесно взаимодействуют друг с другом. Они представляют единый механизм, который регулирует работу всех систем организма и отвечает за реакцию на раздражители внешней среды.Полушария большого мозга крупнее, чем у амфибий, они имеют кору из серого мозгового вещества. Однако последняя еще очень тонка, извилины отсутствуют. Мозжечок сильно развит. Продолговатый мозг образует в вертикальной плоскости выраженный изгиб, что характерно для всех высших позвоночных.
Нервная деятельность стоит на более высоком уровне, чем у амфибий, и с этим связана более сложное приспособительное поведение рептилий, которые, обладая врожденными рефлексами и инстинктами, способны также к формированию условных рефлексов.