На современном этапе развития главной задачей эмбриологии - это выявление особенностей влияния различных реагентов на развитие эмбриона. Также большое внимание уделяется изучению механизмов возникновения патологий и их влияние на развитие зародыша. 
Эмбриология изучает и позволяет решать современные проблемы оплодотворения и образования зародышей. Поэтому сегодня разработаны методы искусственного оплодотворения, суррогатного материнства и т.д.
Методы эмбриологии позволяют спрогнозировать все возможные аномалии плода и предотвратить их.
Эмбриологи могут сформулировать и применить положения о профилактических мерах по выкидышам и внематочным беременностям и осуществить контроль над беременными.