Ланцетники относятся к подтипу хордовые. Как и у всех представителей типа  хордовые, центральная часть нервной системы расположена на спинной стороне тела, над хордой. Под хордой расположена нервная система, передний отдел которой пронизан жаберными щелями. Кровеносная система закрытого типа, состоит из спинного, брюшного и отходящих от них мелких сосудов. Функции сердца у ланцетника выполняют брюшные сосуды. Хорда выполняет роль осевого скелета. У одних она сохраняется в течение всей жизни, а у других только в зародышевом состоянии.