Диагностика заболеваний органов пищеварения при консультации гастроэнтерологом  включает в себя жалобы, анамнез заболевания и жизни, данные объективного исследования в кабинете, учет сведений инструментальных, рентгенологических, лабораторных и иных исследований, с учетом опыта, знаний специалиста. Врач гастроэнтеролог после консультации пациента и выявления показаний к исследованию (при отсутствии противопоказаний) и согласия пациента,  направляет его в лечебное учреждение (кабинет) для проведения  инструментальных методов исследования (эзофагогастродуоденоскопия, колоноскопия, ректороманоскопия), видеокапсульной эндоскопии и других методов диагностики. Назначенные гастроэнтерологом методыисследования выполняются только с заверенным бланком направления в конкретный кабинет поликлиники, медицинского центра, больницы.