Папоротники стоят выше на эволюционной лестнице развития. 
И имеют более сложное строение, чем мхи. 
1.Папоротники имеют корни (придаточные) , которые отрастают от подземного побега (от корневища) . Мхи корней не имеют. 
2.У папоротников сложные и крупные листья (вайи) , мхи имеют микроскопические листочки. 
3.У папоротников взрослое листостебельное растение является спорофитом и его клетки диплоидны, а у мхов -коробочка на ножке - бесполое поколение, а клетки гаметофита гаплоидны. 
4.У папоротников лучше развиты ткани и проводящая система.