Процессы пищеварения происходят в трех этапах:
1) полостное пищеварение: белки расщепляются до аминокислот, углеводы - до глюкозы, жиры - до жирных кислот и глицерина;
2) пристеночное пищеварение: перевариванию подвергаются пищевые частички, проникающие в пространства между ворсинками;
3) всасывание: глюкоза и аминокислоты в кровь; жирные кислоты и глицерин в лимфу, а затем в кровь.

Столбчатые клетки – образую ворсинки, которыми покрыта вся слизистая тонкого кишечника, а также вырабатывают ферменты и участвуют в транспорте веществ. 
Бокаловидные клетки – вырабатывают пристеночную слизь и бактерицидные вещества. 
Клетки Пенета – вырабатывают лизоцим и другие бактерицидные вещества, обеспечивающие защиту от болезнетворной микрофлоры. 
М-клетки — участвуют в распознавании болезнетворных микроорганизмов и их частиц, и активируют лимфоциты.