Особое значение папоротников в природе определяется тем, что некоторые микроорганизмы и беспозвоночные животные практически не могут существовать без папоротников, ведь последние являются не только их средой обитания, но и пищей.Жизнедеятельность папоротников тесно взаимосвязана с другими представителями фауны земного шара, они влияют друг на друга как положительно, так и отрицательно: при нарушении их жизнедеятельности круговорот энергии, кислорода и прочих важных элементов может быть существенно нарушен. Кстати, значение папоротников в природе достаточно велико, так как эти растения также принимают участие в образовании кислорода, такого необходимого живому миру нашей планеты.Отрицательное значение папоротников в природе представлено пунктом о принадлежности некоторых видов папоротника к сорнякам, например, папоротник сальвиния, который быстро размножается вегетативным способом и может стать настоящей угрозой жизни водоемов, в частности их растительному и животному миру.

На рисовых полях культивируют плавающий папоротник азоллу, живущий в симбиозе с азотофиксирующей цианеей как источник соединений азота