В продолговатом мозге находятся ядра блуждающего нерва, иннервирующего сердце и другие внутренние органы, центры защитных рефлексов ( мигательного и рвотного, рефлексов кашля и чиханья ) и центров связанных с питанием и дыханием. Мозжечок осуществляет координацию движений, делает их плавными,  точными и соразмеренными. Средний мозг имеет центры, обеспечивающие четкость зрения и слуха, ряд ядер, регулирующих мышечный тонус, и центры ориентировочного рефлекса. В ядрах серого вещества моста находятся центры, связанные с движением глазных яблок и мимикой.