К пресмыкающимся, или рептилиям, относятся черепахи, змеи, крокодилы, ящерицы и им подобные. Поскольку строение тела черепахи, змеи отличается от типичного для ящериц, мы будем сравнивать млекопитающих с ящерицами и варанами. Редукция конечностей или метаморфоза ребер в панцирь - уже вторичное изменение. Млекопитающие - тоже большая и разнообразная группа животных, включающая и человека, поэтому также будем иметь в виду четвероногих наподобие собак, лис.
Самое первое отличие, бросающееся в глаза, заключено в названии "пресмыкающиеся". Ноги ящериц расположены не прямо под телом, а крепятся по бокам, таким образом брюхо практически касается земли. Ноги млекопитающих расположены прямо под телом, принимают на себя вес тела, позволяют развивать большую скорость, чем у рептилий.
Второе важное отличие заключается в черепе. Мозговой отдел у млекопитающих больше, его размер относительно лицевой части черепа больше. Это прямое свидетельство эволюции нервной системы млекопитающих по сравнению с рептилиями.
Позвоночник млекопитающих дифференцирован четче, чем у пресмыкающихся. У ящериц хорошо заметен грудной отдел, где ребра крепятся нижним концом к грудине, но поясничный отдел выражен неясно. У млекопитающих хорошо выраженный и подвижный поясничный отдел. В шейном отделе млекопитающих практически всегда семь позвонков, независимо от ее длины.