Главное отличие – это наличие или отсутствие ядра. Бактерии – безъядерные организмы. Простейшие – первые, кто сформировал в своем клетке-теле элементарное ядро.При размножении у бактерий предусмотрен обмен генетической информацией, но это происходит в результате рекомбинации генного материала. У простейших процесс усовершенствован – клетки сливаются, в результате чего образуются гаметы, имеющие обогащенный набор хромосом.По способу питания бактерии являются автотрофами. Они самостоятельно вырабатывают необходимые им питательные вещества. Простейшие, за редким исключением, вынуждены охотиться за источниками жизненной энергии, ведь они являются классическим гетеротрофами.Бактерии намного меньше простейших. Их можно рассмотреть лишь под мощным очень мощным оптическим или под электронным микроскопом. Простейшие в разы больше. Самые крупные – амебы, инфузории, радиолярии – хорошо видны при увеличении обычного недорогого микроскопа.