Водоросли являются основой питания растительноядных животных - ракообразных, моллюсков, некоторых рыб, млекопитающих и др. .

Водоросли насыщают толщу воды и воздуха над ней кислородом. Некоторые отмершие водоросли образуют осадочные породы: известняки, диатомит, трепел. Водоросли способствуют почвообразования и повышению плодородия почв. Придонные водоросли являются убежищем для рыб и других животных.

Водоросли используют в пищу человек, из них добывают йод, бром, агар-агар, изготавливают лекарственные препараты. Водоросли используют в биологической очистке воды и как удобрение.

Широкое применение водоросли получили в некоторых отраслях промышленности: пищевой, химической, целлюлозной (бумажной) , текстильной и др. . Некоторые водоросли наносят вред - массовое размножение одноклеточных водорослей в пресных водоемах вызывает «цветение воды» , вода приобретает зеленый цвет. Поселяясь на подводных частях судов, гидротехнических сооружений (например, шлюзах, водных фильтрах) , водоросли мешают их нормальной работе.