На вскидку могу сказать одно ооочень важное отличие: мхи это гаметофитная линия эволюции (то бишь преобладает в жизненном цикле гаметофит, а спорофит даже самостоятельно жить не может, прада есть исключения) . а папоротники это спорофитная линия эволюции (сответственно спорофит преобладает, а гаметофит махонький такой)
а ну и сходство что это несеменные растения, спорами размножаются

Оба размножаются спорами, имеют споргании, листья, есть дифференцированные ткани.))